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Illumina芯片服務平臺

Illumina公司以測序業務聞名,而其在生物芯片方面的業務也具有不可忽視的優勢和競爭力。 激光共聚焦微珠芯片技術是公司的核心技術之一,也是目前最前沿的芯片技術之一。

自2005年推出第一款芯片之后,Illumina不斷創新經濟,高通量及可擴展的芯片解決方案以滿足日益增長的各種需求。結合了行業領先的芯片技術和infinium方法,我們全面的芯片系列產品提供極高的數據質量和極廣的基因組覆蓋度,從而加速靶向集合和全基因組研究。上海生工生物有限公司將為廣大科研工作者提供基于Illumina Beadlab System的SNP基因分型和拷貝數變異(CNV)檢測、DNA甲基化芯片和mRNA表達譜芯片等一系列生物芯片服務解決方案。

Illumina芯片技術特點:

 高重復性、高質量的數據,且單位樣本成本低

 可支持快速、高通量和多重樣本的處理

 提供專家精選、或者定制和半定制的形式

 可快速提供答案

Illumina芯片技術服務平臺一覽:

 

一、基因組層次研究服務: 

 Illumina human SNP分型芯片服務

芯片名稱

芯片信息

Human omni-1 quad beadchip

此芯片數據來自于人類千人基因組計劃測序結果。其中包含了超過114 萬個探針信息,可以在一張芯片上平行進行4 個樣本的檢測。該款芯片包含針對基因SNPs、標簽SNPs、拷貝數變化(CNV)及其他高價值的基因組區域設計探針。

Human omni express-12 beachip

含蓋人類基因組計劃HapMap三個階段研究的數據,針對基因SNPs、標簽SNPs、拷貝數變化(CNV)及其他高價值的基因組區域設計探針,共700,000多個位點,每張芯片可同時檢測12個樣本。

Human omni-zhonghua-8 beachip

此芯片是一款專為中國人設計的全基因組SNP基因分型芯片,每張芯片做8個樣品,芯片覆蓋了在中國人群體中發現的常有和稀有變異,適用于全基因組關聯研究(GWAS)。經優化的90萬個標簽SNP信息來自HapMap所有三個階段及千人基因組計劃(1kGP),并經策略性選擇,可用于在中國人種群中探索全新的疾病和性狀關聯。

Infinium Human Exome BeadChip

此芯片前所未有地覆蓋了推定的功能性外顯子變異,這些變異精選自12,000多個個體的外顯子組和全基因組序列。外顯子內容包含了> 240,000個標志物,它們代表了不同群體—包括歐洲、非洲、中國和西班牙個體—以及多種常見病,如II型糖尿病、癌癥、代謝及精神疾病。

Cyto SNP-12 BeadChip

此芯片包含30萬個和疾病相關的遺傳標。數據來源于Hapmap  I和II

Omni2.5-Quad BeadChip

此芯片包含250萬個SNP探針及CNV探針。用于基因分型和全基因組CNV分析,平均間隔1.2kb,MAF>2.5%。數據來源于Hapmap  I到III和1000 Genomes。

Omni5-Quad BeadChip

此芯片包含500萬個SNP探針及CNV探針。用于基因分型和全基因組CNV分析,平均間隔0.6kb,MAF>1%。數據來源于Hapmap  I到III和1000 Genomes。

 Illumina 動物 SNP分型芯片服務

物種

芯片名稱

芯片信息

Bovine HD BeadChip

Illumina公司與牛類研究專家聯合開發出牛高密度SNP芯片,每個樣本可檢測777962個SNPs。

Ovine SNP50 BeadChip

該芯片由Illumina公司與國際羊基因組協會專家聯合開發,它包含54241個SNP位點。平均每46kb有一個標記,覆蓋整個基因組。

Equine SNP50 BeadChip

該芯片包含54602個SNP位點,這些位點均一分布在15個品種馬匹的全基因組序列上,SNP的平均間隔為43.2kb。

Porcine SNP60 BeadChip

該芯片包含62163個SNP位點,覆蓋豬的全基因組。此款芯片整合了多種豬的基因差異,包括杜洛克豬、長白豬,皮特蘭豬和大白豬。

Canine HD BeadChip

該芯片包含超過17萬個SNP位點,可以對任何一種家養犬類進行全基因組掃描。

 Illumina 植物 SNP分型芯片服務

物種

芯片名稱

芯片信息

玉米

Maize SNP50 BeadChip

該芯片包含56,110個玉米SNP位點。

甘藍

Intl Brassica SNP Consortium

該芯片包含52,157個甘藍SNP位點。

櫻桃

RosBREED Cherry

該芯片包含5,696個櫻桃SNP位點。

RosBREED Peach

該芯片包含8,144個桃SNP位點。

大豆

BARCSoySNP6k

該芯片包含6,000個大豆SNP位點。

辣椒

UCD TraitGenetics Pepper (Capsicum) Consortium

該芯片包含20,000個辣椒SNP位點。

小麥

Private Wheat90k KSU

該芯片包含81,587個小麥SNP位點。

蘋果

RosBREED Apple

該芯片包含8,788個蘋果SNP位點。

蘋果

Fruitbreedomics Apple20k

該芯片包含20,000 個蘋果SNP位點。

葡萄

GrapeReSeq Consortium

該芯片包含18,071 個葡萄SNP位點。

燕麥

Oat Consortium

該芯片包含4,975 個燕麥SNP位點。

番茄

SolCAP Tomato 2013

該芯片包含7,720個番茄SNP位點。

小麥

US/Australia 9k Wheat Consortium

該芯片包含8,632個小麥SNP位點。

大麥

Barley Consortium 2013

該芯片包含7,864個大麥SNP位點。

馬鈴薯

Private WUR-STW Potato Consortium

該芯片包含17,987個馬鈴薯SNP位點。

馬鈴薯

SolCAP Potato 2013

該芯片包含8,303個馬鈴薯SNP位點。

向日葵

KWS-TraitGenetics Private Sunflower

該芯片包含30,000個向日葵SNP位點。

向日葵

Private Sunflower Consortium

該芯片包含10,640個向日葵SNP位點。

棉花

TAMU UCD Cotton Consortium

該芯片包含20,000個棉花SNP位點。

水稻

NSF_McCouch_Rice6k

該芯片包含6,000個水稻SNP位點。

豆類

USDA Common BeanCAP

該芯片包含5,398個SNP位點。

 定制SNP芯片服務:

Illumina提供兩種定制SNP芯片檢測技術:

GoldenGate Custom Panel –低中通量(48~3,072 SNP)

Infinium iSelect HD Custom Genotyping BeadChip-高通量(3,072~1,000,000 SNP)

二、轉錄組層次研究服務: 

 基因表達譜芯片服務

芯片型號

Human HT-12 v4 Expression BeadChip

Mouse WG-6 v2 Expression BeadChip

適應物種

人類

小鼠

產品規格

每張芯片可平行檢測12個樣本

每張芯片可平行檢測6個樣本

芯片介紹

每張芯片含有共約48,000個基因轉錄本,信息來源除36,000個NCBI RefSeq外,還包含了從UniGene的12,000個轉錄本信息。

每張芯片包含有約 45,281 個來自 MEMBO-RefSeq 及其補充序列,RIKEN補充序列的轉錄本信息。

三、表觀遺傳學研究服務

 Illumina DNA甲基化芯片

芯片型號

450K Infinium Methylation Bead Chip

適應物種

人類

產品規格

每張芯片可平行檢測12個樣本

芯片介紹

每個芯片可檢測人基因組45萬個甲基化位點,覆蓋了所有的NCBI注釋的基因,包括啟動子,3’區和5’區。該芯片所檢測的區域主要包括:CpG島和CpG shores,CpG島外的CpG位點,人干細胞中已經鑒定的非CpG的甲基化位點,已經鑒定的在不同類型的腫瘤中相對于其正常組織有差異的甲基化位點,編碼區外的CpG島,miRNA啟動子區,通過GWAS研究已知的與疾病相關的區域等。

技術支持

電話:021-57072092
Email:service6@sangon.com

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